La definitiva istituzione dell’Istituto Musicale, ad opera di Giovanni Pacini, risale al 1842.
Michele Puccini, padre di Giacomo, dal 1843 vi aveva svolto varie funzioni e ricoperto varie cattedre, fino ad esserne dal 1862 Direttore.
Giacomo iniziò il suo percorso nel 1868, come alunno delle classi di violino, di pianoforte e vocalizzo, frequentando anche le classi di armonia pratica e organo e infine di composizione e contrappunto: il percorso canoro si concluderà nel 1880 con il diploma in composizione (Messa a 4 voci per orchestra, oggi conservata nella Casa natale).
Contrariamente al diffuso stereotipo di alunno indisciplinato e mediocre, oggi sappiamo che la carriera scolastica di Puccini fu costellata di premi.
L’attuale Istituto musicale, oggi intitolato a Luigi Boccherini e situato in piazza del Suffragio, conserva molte memorie di Giacomo Puccini: il pianoforte e l'armonium su cui prendeva lezioni, preziose composizioni giovanili, quaderni di appunti usati al Conservatorio di Milano (dove Puccini, dal 1880 al 1883, continuò gli studi). L'Istituto possiede anche gran parte delle composizioni degli antenati di Giacomo, che nel 1891 ne fece «dono all'archivio musicale dell'Istituto Pacini [...] volendo che detta musica sia al sicuro e sotto una salvaguardia vigile».