Le collezioni del Museo della città e del territorio, con reperti che vanno dall'epoca etrusca al XVIII secolo, si trovano all'interno della villa fatta erigere da Paolo Guinigi, signore di Lucca dal 1400 al 1430; questo edificio fu costruito a partire dal 1413 vicino alla città ma all'esterno delle mura duecentesche, affinché il suo proprietario potesse rifugiarvisi e godere della tranquillità, lontano dalle ansie del governo.
La villa, a due piani, poggia su un loggiato con arcate a tutto sesto in mattoni rette da pilastri in pietra, sopra le quali si trova la bella facciata rossa adornata da una serie di trifore gotiche.
Le opere medievali conservate nel museo permettono di tracciare la storia di Lucca, una ricca città sulla Via Francigena, in cui hanno lavorato artisti locali accanto a maestri internazionali.
Tra i resti della città terdoantica spiccano gli affreschi provenienti dai pilasti della prima cattedrale lucchese mentre l'alto Medioevo è ben rappresentato dall'oreficeria longobarda. Una collezione di sculture mostra al visitatore l'evoluzione del romanico lucchese dall'XI secolo fino agli inizi del XIII, tramite lavori di artisti del calibro di Biduino e Guidetto, le decorazioni architettoniche di S. Martino e S. Michele e il celebre crocifisso ligneo di Berlinghiero.
L'arte gotica è illustrata da numerose sculture, affreschi e tavole, tra le quali risalta il trittico di Spinello Aretino. Due terrecotte raffiguranti la Madonna con Bambino, attribuite a Donatello, mostrano i legami culturali della città con Firenze e traghettano il visitatore nel Rinascimento.
La famiglia Guinigi già dal XIII secolo possedeva sull'omonima via una torre e una loggia porticata vicino all'incrocio, ora inglobata in un palazzo cinquecentesco. Nel XIV secolo la famiglia riuscì a creare una sorta di quartiere personale, con almeno 4 torri nei pressi dell'angolo tra via Guinigi e via S. Andrea, di cui due andate distrutte, una, duecentesca, i cui resti sono inglobati nell'angolo del palazzo e la famosa torre alberata.
Nel quartiere c'era anche la chiesa dei SS. Simone e Giuda, ancora in piedi, sulla quale la famiglia aveva i diritti di patronato.
Il nucleo centrale di questo vero e proprio centro di potere erano i due palazzi che si affacciano ancora oggi sui due lati della strada che proprio dalla famiglia prese il nome. Entrambi gli edifici hanno la stessa struttura e sono un esempio del palazzo romanico-gotico lucchese: al pianterreno c'era la loggia, composta da pilastri di pietra che reggono ampie arcate in laterizi decorati, chiuse con un muro nel XVI secolo. Nei piani superiori la facciata di mattoni è aperta da numerose trifore e quadrifore che illuminano le stanze.
Questo complesso di edifici testimonia ancora oggi la potenza raggiunta dai Guinigi, che fecero fortuna grazie ai commerci e all'attività di banchieri, furono esiliati da Castruccio Castracani all'inizio del 1300, ma rientrarono nel 1369; dopo una sanguinosa lotta cittadina con i rivali Fonteguerra, svoltasi sotto la Torre del Veglio divennero la famiglia più potente della città tanto che un suo esponente Paolo Guinigi nel 1400 instaurò la signoria a Lucca, finita con la congiura che nel 1431 restaurò la repubblica e li costrinse all'esilio.
Tornarono nel XVI secolo e rimasero in città fino a che non morì l'ultimo membro della famiglia che donò la torre e il palazzo al Comune di Lucca.
