Questa chiesa, sorse nel 1309 per volontà dell'Università dei Mercanti che fece modificare un precedente oratorio, sorto, alle spalle del palazzo vescovile, nel luogo in cui si trovava un'immagine della “Madonna con Bambino”, molto particolare perché Maria teneva in mano un rametto con tre rose. Il crescere della venerazione dell'icona, ritenuta miracolosa, fece ampliare nel 1333 l'edificio, appoggiato ad un lato delle mura romane, tuttora visibili all'interno, e si realizzò il fianco rivolto verso Via della Rosa che ancora oggi è un raro esempio di gotico a Lucca: lungo questo lato, arcate a tutto sesto sono aperte da polifore trilobate con trafori.
La facciata, rimasta incompiuta, fu terminata solo alla fine del XV secolo con il portale attribuito all'ambito di Matteo Civitali, in contemporanea con il rifacimento dell'interno, scandito da tre navate divise da colonne e coperte con volta a crociera. Nel XVII secolo si potenziò l'apparato decorativo, poi pesantemente rimaneggiato nel XIX secolo, quando la chiesa subì una serie di pesanti interventi di ristrutturazione, in particolare sulla fiancata che si affaccia sul Via della Rosa, dove furono ripristinate le aperture.
Al centro dell'altare si può ammirare ancora oggi il dipinto raffigurante la “Madonna della Rosa”, privo però dei SS. Pietro e Paolo, distrutti durante lo spostamento dalla parete settentrionale a qui, avvenuto nel 1609: quest'opera è considerata un capolavoro dell'arte lucchese del trecento.
