In questa chiesa, intitolata a SS. Giovanni e Reparata, dall'epoca tardo antica fino al VIII secolo cattedrale della città, e nel suo battistero si può leggere gran parte della storia di Lucca: nella facciata, nonostante la ristrutturazione tardo cinquecentesca, si vede ancora il portale romanico, realizzato nella seconda metà del XII secolo da un collaboratore di Guidetto, capace di unire temi stilistici del maestro ad un gusto locale più classico, visibile anche nell'impianto interno e nelle sua decorazione scultorea.
Alla stessa epoca risale il campanile, visitabile, che però fu più volte ristrutturato nel corso del tempo. All'interno della chiesa si possono notare l'affresco di Paolo Guidotti (inizio XVIII secolo) sopra l'abside e quelli realizzati da Giuliano di Simone sul Transetto nord all'inizio del XV secolo.
L'area archeologica sottostante mostra l'evoluzione della prima cattedrale del IV secolo fino alla chiesa del XII secolo: nell'alto Medioevo, si stese un nuovo pavimento per ricoprire le sepolture longobarde e si realizzano dei muri con i caratteristici ciottoli “a spina di pesce”.
Nel X secolo venne realizzata la cripta per ospitare le reliquie di S. Pantaleone. Non più tardi dell'inizio dell'XI secolo nell'angolo nord della facciata venne eretta una torre in blocchi regolari di pietra, probabilmente già affiancata da un'altra, sul lato opposto, ma realizzata in materiali più poveri. Prima del cantiere romanico, di cui rimane traccia nelle ampie vasche per la fabbricazione della calce e la fusione dei metalli, si realizzo al centro della chiesa un recinto intonacato con “graffiti” raffiguranti scene della vita di S. Reparata.
Anche nel battistero sono visibili le trasformazioni avvenute nel tempo: il battistero altomedievale doveva essere un ampia aula quadrangolare animata da arcate cieche e probabilmente i pilastri (visibili intorno a fonte) furono aggiunti in seguito o appartengono al battistero del XII secolo che aveva al centro il fonte quadrato decorato con intarsi marmorei. Nel XV secolo fu realizzato l'edificio che ammiriamo oggi, con l'aggiunta della splendida volta a otto spicchi, realizzata alla fine del XVI secolo.
